Zgodnie ze Statutem UJ z 29 maja 2019 roku (dział IX, roz. 1, & 202) w Uniwersytecie Jagiellońskim – Collegium Medium obowiązuje nowy System Identyfikacji Wizualnej.

Jedynym obowiązującym znakiem UJ CM jest logo składające się z:

• dwupolowego herbu zwieńczonego złotą koroną – w polu niebieskim przedstawione są dwa skrzyżowane złote berła rektorskie, w polu czerwonym – złoty wąż Eskulapa owinięty wokół złotej laski (wąż Eskulapa, występujący również w herbie Szpitala Uniwersyteckiego, podkreśla związek tych instytucji);
• logotypu – nazwy uczelni w formie pełnej „Uniwersytet Jagielloński – Collegium Medicum w Krakowie” lub skróconej „Uniwersytet Jagielloński – Collegium Medicum”.

Dwupolowy herb został wprowadzony w 2 połowie XIX wieku jako herb Wydziału Medycznego UJ, następnie był używany przez Akademię Medyczną w Krakowie oraz UJ CM do 2009 roku. Występował w różnych stylizacjach na pieczęciach tych instytucji, insygniach władz, dokumentach, papierach firmowych, wizytówkach, na budynkach uczelnianych i szpitalnych. 

Znaki Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum nawiązują stylizacją do systemu identyfikacji Uniwersytetu Jagiellońskiego (opracowanego w 2008 roku). 

Nowy herb UJ CM  opisany jest w Księdze Znaku.

Wszelkie znaki niezgodne z opisanymi w księdze powinny zostać wycofane z użycia i zastąpione przez znak zgodny z wzorem.

Księga Znaku dopuszcza różne układy znaku w połączeniu z nazwą uczelni.

Księga Znaku